馬庫斯最近在和助理地檢官香特爾約會。不過香特爾因工作原因爽約，馬庫斯卻在約會地點意外碰到了香特爾的前夫羅伊。馬庫斯當時并不知道羅伊的身份，羅伊借故找茬，以致于發生了肢體沖突。次日，羅伊就到香特爾的辦公室大鬧了一場。香特爾為此被地檢部門認為“無法專心工作”，需要暫時休假。馬庫斯因為這件事而感到內疚，喬恩作為朋友幫他進行了調查，發現其中大有文章。羅伊當天是有意來找馬庫斯的麻煩，目的就是借機到香特爾辦公室鬧事，讓她退出正在處理的刑事案件。與香特爾打對手戲的辯方律師策劃了這件事，羅伊是出于報復才參與進來。當然，并沒有證據能夠證實，可馬庫斯想到了另外的辦法。羅伊兩年前就以右臂肌肉撕裂為由申請提前退休，領到了高額補償金和退休金。在與馬庫斯發生爭執時，他的手臂卻很有力，完全沒有因肌腱損傷而受到影響。羅伊肯定存在欺詐行為，馬庫斯警告他遠離香特爾，否則調查部門就會收到匿名舉報，重新對羅伊的傷情進行鑒定。

在喬恩忙于為馬庫斯解決麻煩時，還要專注于新的案件。一處森林邊的小鎮上，最近幾周每天晚上都有人發現一個打扮恐怖的小丑在鎮上游蕩。一天晚上，兩名巡邏員又看到小丑出現，便緊追不舍。在密林中追了大半個小時，小丑突然不見了蹤影。巡邏員仔細搜尋了周邊，驚訝的發現小丑已被埋進土里，只露出一張雪白的臉。

偏僻小鎮發生兇殺案，自然會引起媒體注意，一向對離奇案件感興趣的夏洛克馬上趕到了現場。從尸體狀態來看，很容易判斷死者絕不會是當晚逃走的小丑。雖然死者穿著同樣的小丑服，但死亡時間已有三十多小時。死因是頭部遭受鈍器打擊，從傷口形狀分析，應當是撬棍。

逃跑小丑的身份很快被查明。被帶到警局后，他承認與死者都是受雇于一家廣告公司。兩人輪流裝扮恐怖小丑，其實是為幾個月后上映的恐怖片造勢。夏洛克從網上查到，死者曾寫過抨擊該廣告公司的文章，指責他們壓榨員工。而死者又受雇于該公司，是否因為臥底而被滅口？這個想法被廣告公司老板否認，死者確實寫過批評文章，所以廣告公司才聘請他。希望他能通過真實的感受，再寫篇糾正文章。廣告公司老板與死者曾多次對新文章進行過交流，共享云盤上的草稿可以為證。

云盤上的草稿證實了廣告公司老板的說法，夏洛克倒是從云盤圖片里找到了線索。看來死者的手機被設置為自動上傳照片，雖然現場沒有找到手機，但云盤里最后兩張照片顯示出了被殺原因。黑暗的森林里有人在切割什么東西，火花四濺。之后是一個身材魁梧的人，拎著撬棍追來。照片上看不出兇手的相貌，夏洛克決定和馬庫斯一起到現場周邊查看。

在發現尸體的幾百米外，夏洛克找到了一處窨井，上面有明顯的撬痕。這是紐約市的飲用水通道，從水源地通過此處流向配送站。打開窨井蓋，夏洛克發現井旁有一些液體殘留。液體散發出的味道夏洛克再熟悉不過，是培植細菌的培養液。

因影響到上千萬紐約市民，這不僅是環保問題，還上升到了國家安全的高度。環保部負責水質的溫德爾來到紐約警局，隨行的還有國土安全官員。環保部已經關閉了紐約市飲水配送站，被污染的飲用水不會進入市民的用水管道。但還有個問題，環保部發現這種病毒生命力頑強，在經過氯消毒和紫外線凈化后仍能存活。目前動用了儲備用水，保證市民不受影響，不過國土安全官員要求此事必須保密，以免引起不必要的恐慌。

有能力制作超級病毒，又有動機的人，夏洛克不由得想到格蕾西·范白蘭德。范白蘭德家族是紐約最古老的家族之一，而格蕾西患有妄想癥，時常在網上散布人類滅絕的觀點，還研究過多種制造大規模殺傷的方法，其中就有定制超級病毒。在嫌疑人的公寓里，警方并未找到直接證據。但夏洛克從房間堆積如山的科學刊物里發現一份報導病毒講座的文章，文章配圖里的發言人，與死者照片里兇手的身形一模一樣。

夏洛克確定的嫌疑人叫雷蒙德·索普，在一家實驗室工作。實驗室負責人確認他已休假，在他的電腦里還發現了病毒模型，看來雷蒙德并沒打算銷毀證據。讓夏洛克有些意外的是，經過實驗室負責人的檢測，該病毒的功能只是引起胃腸道輕微不適，并不致命。雷蒙德費盡心思制作病毒，還不惜為此殺人，目的僅是要讓紐約市民拉肚子？這讓人匪夷所思。

雖然國土安全部再三強調保密，可媒體還是得到了消息。喬恩一猜就知道是夏洛克所為，她支持這種作法。連她自己都不放心用水，安裝了環保部推薦的過濾裝置。其他市民也有權知道這此事，采取措施保障自己的健康。可喬恩安裝過濾裝置讓夏洛克很不滿，因為紐約市有“免過濾法”，所有飲用水都是取自純天然水源，只經過必要的氯消毒和紫外線殺菌，所有的礦物質都很好的保留下來。夏洛克正是喜愛這樣的水質才住在紐約，經過過濾的水，完全沒有了以前甘甜的感覺。

這倒是讓夏洛克想到，很可能是某個建筑公司在搗鬼。如果因此事而廢除“免過濾法”，那該公司就能獲得紐約市價值幾十億美元的過濾工程。可再調查下來，這種想法又被推翻。過濾工程的建設耗時幾年的時間，這段時間里該公司的高管、員工及他們的家屬同樣會受到病毒影響。而且公司目前主要推廣的是更容易建設，更能盈利的紫外線凈化項目，該項目已證實無法殺死超級病毒。

能通過此事快遞盈利的，只有一個，那就是環保部推薦的過濾裝置。夏洛克匆匆回到家，從地下室的過濾裝置里拆下濾芯。濾芯上有專利號碼，從專利局查詢可知專利所有人正是環保部的溫德爾。在警局，溫德爾拒不承認。因為他知道制造病毒的雷蒙德已逃往黑山共和國，黑山與美國之間沒有引渡條約。可當聽到，美國方面照會了黑山政府，雷蒙德可能攜帶致命病毒，黑山政府已啟動遣返程序時，溫德爾終于決定認罪以減輕刑罰。