1898年9月21日，慈禧太后等發動戊戌政變，光緒帝被囚，戊戌變法失敗，前后共歷時103天，史稱“百日維新”，1908年11月14日，光緒帝駕崩于慈禧太后死亡的前一天，享年三十八歲。

戊戌變法失敗十二年后，宣統三年三月二十六日，永定河里內沖出一塊石碑，沖到了正陽門外，碑文上的字被人拓了出來，字是古篆，上面寫著“龍震離九，爭時易乾坤”。此事被傳開以后引起轟動，從字面上理解就是天下要易主的意思，這無疑就是謀反的先兆，身為大內總管的存清坐不住了，他推測可能有人會在芒種這一天起事，于是立即派人追查，得知這是有人在散步的謠言，但幕后之人無法查到，存清斟酌一番后斷定有人在做謀反鋪墊，他馬上派人鋪開調查，因芒種是二十四節氣排行第九，他就命人排查與九相關的一切事宜。

天津大沽鎮一家客棧內九人慘死，捕快王家洛聞訊后立即趕往現場勘察，探查出大部分死亡之人被毒殺，他在衣柜內發現一名幸存者林家靜，她稱死的人是她的叔叔嬸嬸和表哥一家人，她在日本留學，昨天跟剛跟他們從日本坐船回來，今天就遭遇不幸，今天早上她正在換衣服，就聽到外面表哥尖叫，嬸嬸大喊快跑，她慌忙之下躲進衣柜才逃過一劫。

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王家洛綜合信息分析，既是用毒高手，又是異族裝扮，一定是那些棱西人，他立即決定追趕兇手，絕不能讓他們在自己的手下逃脫，果然不久后他追到兇手們，正是棱西融天劍派。這些人并未將王家洛放在眼里，不料王家洛上手就除掉一人，他們這才重視起來，經過一番打斗，王家洛雙拳難敵四手，他見勢不妙只好詐死趴在河中躲過追殺。

大內總管存清整日聆聽著各地收集來的信息，大部分都是無用信息，讓他聽得頭痛，于是他想到了一人，就是被人稱之為門三刀有伊爾根覺羅·穆青（秦俊杰飾），他是前光緒帝御前侍衛，因戊戌變法受到牽連。存清深知他的探案本領，以自由和恢復官職為誘惑，讓他幫忙破案，穆青決定抓住這個機會重見天日。

一家賭場內，陳五輸得精光，無奈之下他拿出一張當票想換三百兩銀票，卻被別人嘲笑，因為當品只是一頂狗皮帽子，然而卻有人真的出錢將其買走，此人正是融天劍派新任掌門卓不凡（劉宇寧飾）。而殺害從日本回來那九個人的帶頭大哥正是卓不凡的大師兄于煥杰，他們用本門的手法殺人讓卓不凡有些生氣，于煥杰稱自己已經問出信息才是最重要的，從日本回來的九個人要在四月初三到上海法租界和一個從海外趕回來的人見面，這個人叫譚先。于煥杰身為大師兄，因為沒有接任掌門而對卓不凡耿耿于懷，卓不凡為了不引起融天劍派的爭斗而處處忍讓，師娘卻覺得他不該如此退讓。

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存清與穆青聊起了凈壇密藏的事，在明朝嘉靖年間有一個叫汪直的人，此人號稱五峰船主，與日本人做走私生意多年，說他富可敵國也不為過，傳說明朝末年，汪直留下來的財富被南少林的一個俗家弟子找到，但正值亂世，南少林就將密藏封鎖起來，后來這筆財富就被后人稱之為“凈壇密藏”，存清上任大內總管后因國庫空虛，曾經打過凈壇密藏的主意，結果卻一無所獲，就在出現龍震離九的謠言之后，藏寶圖卻意外失蹤了，他讓穆青調查此事。