在《暗黑者》第一季結(jié)束的時(shí)候，有許多秘密漸漸浮出水面----喜歡殺戮，沉湎于正義游戲的Darker竟然是羅飛當(dāng)年的警校同窗袁志邦，他最終選擇用一場(chǎng)自殺式爆炸來(lái)了結(jié)自己的生命。在羅飛和Darker的角逐中，前刑警隊(duì)長(zhǎng)落網(wǎng)，龐大的商業(yè)集團(tuán)勢(shì)力重組，多年前令全市女孩恐懼的碎尸案真兇逐漸浮出水面……Darker對(duì)生父死亡真相的探尋，牽動(dòng)了多方命運(yùn)的變動(dòng)，也成為他和羅飛斗爭(zhēng)的焦點(diǎn)！十二年前，是什么樣的真相，讓那個(gè)充滿正義感的警界奇才，變身成為冷酷的殺手？十二年后，是什么樣的因果，讓新一代的死亡宣判者，無(wú)法逃避自己宿命般的責(zé)任？他們，無(wú)一例外地踏上了各自的宿命之路……

袁志邦培養(yǎng)的接班人新一代Darker已經(jīng)擁有了超人的能力，并迅速成長(zhǎng)起來(lái)，他正伺機(jī)而動(dòng)準(zhǔn)備一場(chǎng)新的正義殺戮，而此時(shí)羅飛所領(lǐng)導(dǎo)的專案組卻是一盤散沙。

前刑警隊(duì)長(zhǎng)韓灝，因?yàn)殄e(cuò)殺大佬鄧樺而成為警察追捕的對(duì)象，他在一家商場(chǎng)被發(fā)現(xiàn)了蹤跡，憑借敏捷的身手躲過(guò)了便衣的層層追捕，但最后卻落入鄧樺生前保鏢阿華的手中。警界的老領(lǐng)導(dǎo)丁局責(zé)怪追捕韓灝的隊(duì)長(zhǎng)，未經(jīng)匯報(bào)私自行動(dòng)，他要求把這件案子交由專案組去辦理。梁音到醫(yī)院看望受重傷的熊原，從內(nèi)心里她非常不希望專案組解散，梁音走后，熊原緩緩睜開了眼睛，原來(lái)他早已經(jīng)醒了。曾日華因?yàn)檎諢o(wú)所事事，只好夜夜泡在網(wǎng)吧玩游戲，他對(duì)著電腦低吟著想要快回專案組。尹劍覺得是自己才放走了韓灝，心里十分自責(zé)，不想再當(dāng)警察了，在丁局的鼓勵(lì)之下，尹劍將前往新的部門工作。

阿華毆打折磨韓灝，想讓他和自己合作一起對(duì)付Darker，但韓灝拒絕和這股惡勢(shì)力合作。羅飛突然接到薛天的短信，約他在天臺(tái)見面，羅飛懷疑新Darker就是富家子薛天，他將薛天帶回警局詢問，卻被薛天請(qǐng)來(lái)的女律師駁得啞口無(wú)言，只好放人。

羅飛和穆劍云在咖啡廳里喝咖啡，突然接到電話，薛天失蹤，那個(gè)所謂的律師身份也是假的。咖啡喝完，二人玩笑著由誰(shuí)買單，穆劍云突然發(fā)現(xiàn)賬單上赫然放著一張死亡通知單，受刑人為南派三叔，罪行是挖坑不慎。兩人連忙前往南派三叔的住處，在路上，穆劍云通知了所有專案組的成員，通知單出現(xiàn)了，大家馬上響應(yīng)起來(lái)，羅飛宣布專案組重新整合！

羅飛和穆劍云來(lái)到三叔的住處，三叔將二人放到客廳，就看起自己新寫的小說(shuō)《老九門》，完全忘記了兩人的存在。羅飛將死亡通知單的事情告訴了三叔，可三叔認(rèn)為這只是書迷的恐嚇而已，對(duì)此不屑一顧。出門之后，穆劍云分析，南派三叔精神可能真的有點(diǎn)問題，羅飛告訴穆劍云，其實(shí)這個(gè)死亡通知單就是惡作劇，是自己假造的，目的只是想了解一下南派三叔是不是真的有精神病而已。

專案組成員聚會(huì)，大家都覺得羅飛這次膽子太大了，丁局知道了非處置他不可。羅飛認(rèn)為專案組的每個(gè)成員，都各有自己的特色，回到原來(lái)的工作崗位只會(huì)埋沒才能，只有在專案組才會(huì)讓每個(gè)人都閃光。得知Darker再次出現(xiàn)，丁局幫專案組人員找了一個(gè)新的辦公場(chǎng)所，竟在一艘大型航母的艙體內(nèi)，里面各種設(shè)備一應(yīng)俱全，緊跟潮流，羅飛非常慚愧，告訴丁局通知單是假的，丁局非常生氣，這時(shí)，真正的死亡通知單卻再次出現(xiàn)了……