被作為“第三個基拉”逮捕的火口突然死亡。在火口帶著的黑色死亡筆記上寫著“這個筆記上寫下姓名的人，如果在十三天以內不寫下下一個名字就會死掉”，根據這一規則，L宣布月和海砂是清白的。

得到L完全信任的月作為L的友人加入了基拉事件調查。在失去基拉的記憶前，對筆記做出種種安排的月讓海砂去取出埋在森林里的紅色筆記，以便讓她再次利用“死神之眼”查到L的真實姓名，但是就在海砂接觸筆記本前被人襲擊，筆記本也被搶走。

襲擊海砂的油多川的幕后主使是海砂認識的檢察官魅上照。魅上照從筆記本里夾著的信中得到了海砂與基拉的關系，開始代替基拉制裁罪犯。新的基拉事件發生本來更加證明了月的清白，而L卻加深了對月的懷疑。為助L一臂之力，尼亞查找從海砂手中奪走筆記的犯人。

尼亞雖然從油多川得到了從海砂處搶筆記被搶的口供，但在說出幕后主使者的姓名前，油多川死于心臟麻痹。這時，與魅上照取得聯絡的月，著手進行新的除掉L的計劃。魅上照按計劃來到基拉對策室要求收繳火口一案的物證，實則是要利用“死神之眼”查明L的真實姓名。另一方面，L也賭上自己的性命向基拉發出直接對決的挑戰。