新一季的劇情在巴拿馬索納監獄(SONA)展開，這里關押的盡是窮兇極惡之徒，法律沒有效力，Lechero，一個狡猾的毒販是這些惡徒們的首領。初來乍到，自然要拜過山頭，邁克爾和馬宏以及一干新進人犯被帶去見Lechero，他早就對邁克爾的所作所為有所耳聞，并對他表現出極大敵意。馬宏對邁克爾示好，并提出要求一同逃出監獄，但卻被邁克爾拒絕，同時，他們倆也見到了老伙伴--T-Bag，各路“好漢”再次聚首。 同樣被投入監獄的前獄警貝利克則過著殘不忍睹的生活，沒有食物，衣不遮體，還要被迫打掃廁所。但在那里他見到了一個神秘人物韋斯勒(Whistler)，他要求貝利克為他做一件事情，并許以食物相換。 監獄里的爭端有一個特定的方法解決--“雞爪子”，即雙方生死相搏，邁克爾被陷害，與一黑大漢相斗。這時，貝利克出現，并把韋斯勒給他的2張字條塞給搏斗的兩人。在馬宏的幫助下，邁克爾贏得了生死之斗，而黑大漢的死尸被抬出監獄，等候在那里的女子索菲亞(Sofia)打開字條，上面赫然寫著一串數字和詞語。 監獄外，林肯一方面竭力尋找辦法救邁克爾出來，一方面也尋找莎拉和兒子LJ。偶然間，他竟接到LJ的電話，告知自己也到了巴拿馬，并且要見林肯。林肯趕到相約地點，見到的卻是一個陌生女子，并且得知莎拉和LJ被綁架，只有把一個叫做韋斯勒的男子弄出索納監獄，才可以拯救莎拉，LJ和邁克爾。林肯與邁克爾見面，并且把這個事情告訴了他。