紐約開往東京的客機突然墜毀。第一時間接到通報的CTU第一支部A班班長獅堂現馬憑直覺感到此事與暗殺日本第一位女總理候選人朝倉麗的計劃有關。他命令CTU的密碼解析系長南條巧馬上調查客機乘客的經歷，但是南條不相信現馬，直接拒絕服從命令。這時，炸毀客機后靠降落傘逃離的神秘女人冰川七七美回到地面與同伙匯合。他們談起從墜毀的客機上的乘客皆川身上搶來的ID卡，而皆川正是約好幾小時后采訪朝倉麗的攝影師。另一方面，CTU東京本部長鄉中兵輔與負責秘密調查的CTU第三支部搜查員三上徹見面，拿到了已刪除所有者號碼的CTU卡片。那上面記載著身份不明的內鬼記載的與麗有關的海量數據。但是，剛拿到卡片，鄉中和三上就遭人槍擊?，F馬接到鄉中的電話，馬上前去救援，等待他的卻是令他窮途末路事態。與此同時，麗從所住的酒店失蹤了。現馬的女兒獅堂美有仍然下落不明，現馬在公私兩方面被不知就里的案件搞得團團轉。好似雪上加霜似的，這樣的他得到了難以置信的新情報。