東京繁華的大街上，發生了一起持槍搶劫珠寶案。警局中央署刑事課主任淺輪直樹趕到現場，見到兩名嫌犯逃跑，緊跟在后奮力追趕，慌亂中撞倒一名男子，原來也是前來圍捕的警員，名叫新藤亮，兩人開始聯手追捕嫌犯。追趕中，淺輪終于制住了第一名嫌犯并把他交給新藤亮，此時眼見第二名嫌犯就要逃遠，一個帶著小孩出來玩的男人巧妙地用路障繩絆倒了嫌犯，淺輪制住嫌犯，此人卻神情冷漠地不接受淺輪的感激。

警視總監決定成立一個不受其它機制束縛的特別搜查組，特地請來已辭職的宗方朔太郎擔任組長，而且承諾全部成員由宗方挑選。正在家里享受休假日的淺輪，接到上級電話趕到了總監辦公室，得知自己要被調到這個新成立的特別組，而當宗方一轉身，淺輪吃驚地發現，這個新任的組長竟然就是幫助自己抓住嫌犯的那個男人，正是宗方點名要來了自己。

特搜組的辦公室準備到位，宗方讓淺輪負責召集人員，淺輪有些茫然。他打電話給正在博物館的小宮山志保，卻被小宮山拒絕，又找到矢澤、青柳等原來一起共事的警員，也都被一一拒絕。正當淺輪失望之際，矢澤終于改變了主意，并且答應幫他一起慢慢說服其它人。

當前僅有淺輪和矢澤兩名成員的特搜組接到出警電話，打電話的是另外一名過去的同事村瀨，三個重聚在案發現場。初步勘查死者名叫野村美穗，是一名考古研究人員，她死在了考古發掘坑內，身旁發現裝有毒藥的瓶子，而且只有她一個人走過的腳印，一切看起來好象是自殺。但淺輪卻機智地發現，周圍并沒有服用毒藥后掙扎的痕跡。

死者的尸體解剖結果顯示系服毒死亡，對這個案子感興趣的小宮山正好來到解剖室，想起自己曾經見過死者，她要求法醫調查死者的以往病例。初步的案情分析在特搜組進行，此時法醫的調查結果表明死者已經懷孕，而且生前患有骨關節炎，她走路的姿勢與正常人不同，因此死者在死亡前留下的腳印不可能是正常的。案件疑點很明顯，淺輪駁回了上峰定為自殺的推斷，決定深入調查。

調查中眾警員聽說死者美穗十分崇拜知名的考古學家井出教授，而且她曾經捏造過繩文時代的考古成果，美穗后來遞交了辭職申請，井出教授卻不同意。淺輪在美穗家中比對照片時，發現架子上心型的繩文時代陶俑復制品不見了。村瀨在聽人說有可能掉在地下摔碎時，忽然想起曾經接手井出教授辦公室繩文復制品大批摔碎的那件案子，他趕緊截回了那些原本要處理掉的碎片。

碎片整合，心形陶俑果然出現了，這說明井出教授辦公室的陶俑是死者美穗家里那一件，與此同時，美穗肚子里的胎兒DNA檢驗結果也證明了是井出的，淺輪將井出帶到了警局。案情告白于天下：已婚的井出與美穗有感情糾葛，兩人在爭執中美穗暈倒，井出為了掩蓋碎掉的心形陶俑遂打碎現場其它陶俑混在一起，讓學生毒死美穗偽造自殺現場。

井出用法務大臣的關系威脅淺輪，但淺輪堅持將他逮捕。特搜組首戰告捷，此時淺輪原來的同事也一一回歸，大家重聚一起，決心讓法律的陽光照進黑暗。