孔慧媛是在和父親分手后，被姜潤城帶人綁架的。

此時孫旻虎把孔慧媛帶到杜正宇面前，吳正煥得意地要杜正宇放了吳景民。杜正宇卻要他先放孔慧媛，并且告訴他，吳景民的心理醫(yī)生文在雄就是預(yù)告殺人案的兇手，而孫旻虎早就知道，卻向吳正煥隱瞞。

兩方終于說好，孔慧媛和吳景民一同被放開，走向?qū)Ψ健５瓤吹絽蔷懊癜踩耍瑓钦裏ㄍ蝗蛔兡樢窒氯プタ雌饋韱螛屍ヱR的杜正宇。哪知突然從遠處射來一串子彈，嚇得打手們匆忙后退。原來那是藥廠老頭躲在高處開槍，他年輕時是軍人，槍法很好。

吳正煥他們被鎮(zhèn)住了，杜正宇則帶著孔慧媛?lián)P長而去。

李志旭來找杰米，給她看一份資料，上面是一位叫劉權(quán)的軍長，當(dāng)年他對白夜村事務(wù)介入得最深，但在慘案那天失蹤了，沒有死亡記錄。

而李志旭又拿出一張照片，是白夜生物科技的前身白夜生命工學(xué)研究所開創(chuàng)時的合影，里面也有劉權(quán)。然后他告訴杰米，劉權(quán)的女婿就是吳正煥。

杰米用網(wǎng)絡(luò)地圖搜尋與文在雄幾次見面的便利店周邊，她判斷文在雄可能就住在這一帶，但一無所獲。她來到特搜隊，去發(fā)現(xiàn)里面人去樓空。她去找黃炳哲，他說特搜隊已經(jīng)決定解散，辦公室要騰出來。

張志苑和尹碩弼也在等待分配中。杰米找到他們，仍然要與兩個人合作抓罪犯。

在地下藥廠，孔慧媛問杜正宇，招自己加入特搜隊，是不是因為她的父親？杜正宇回答說，最開始是，但現(xiàn)在不一樣了。這時他突然發(fā)病暈倒，雖然很快緩醒過來，但知道自己時間不多了。

就在這時，武裝軍人突然進入地下藥廠所在的建筑。孔慧媛這才檢查自己身上，發(fā)現(xiàn)被人偷放了跟蹤器。

軍人投擲煙霧彈后進入地下藥廠，卻反被杜正宇利用煙霧的掩護，將他們一一放倒。然后和孔慧媛、老頭逃走。孔慧媛問杜正宇，吳正煥為什么一定要抓他，杜正宇回答，因為我知道一個秘密。

他們?nèi)フ夷俏慌块L，一番斗嘴之后，杜正宇告訴了女部長自己掌握的案情，問她難道不該阻止一下？

女部長思考片刻后，問杜正宇，你想要我做什么？

文在雄要張龍植晚上九點把孫旻虎約來，這是不是要殺孫旻虎？

吳正煥身體的老化在加速，他再一次服藥后，來到實驗室找曹賢熙。曹賢熙則說實驗還需要十四歲一下孩子的血清，不然連吳正煥現(xiàn)在吃的藥都沒辦法生產(chǎn)。

吳正煥又對孔一道說了自己綁架孔慧媛?lián)Q取吳景民的事，孔一道第一次對他產(chǎn)生了恐懼。

女部長這時接到了孫旻虎的電話，告訴她預(yù)告殺人的兇手約自己見面，可能殺他。女部長轉(zhuǎn)頭把這事告訴了杜正宇和孔慧媛。

李志旭在電視報道了白夜村是當(dāng)年軍方介入的人體實驗項目。他的辦公室隨即搬空，節(jié)目也被停了。

杜正宇和孔慧媛又來到藥廠老頭的另一處地方，老頭已經(jīng)查到市郊有一家建筑購買了高容量的應(yīng)急發(fā)電機，除非搶救要死的人才會買這種東西，秘密研究所應(yīng)該就在這里。

杜正宇要孔慧媛去文在雄可能殺死孫旻虎的地方。他估計為了防止孫旻虎被殺，白夜財團方面的人應(yīng)該會集中在那里。而他將趁機去那幢買高容量發(fā)電機的建筑，爭取找出秘密研究所。

夜晚，杜正宇來到那幢建筑，走進地下層，發(fā)現(xiàn)里面有一大堆標(biāo)示著不同年份的罐子。他打開一道門，走過里面長長的走廊，看到空空的病床，手術(shù)室，顯然研究所已經(jīng)轉(zhuǎn)移，杜正宇痛苦而憤怒地喊叫起來。而這一切，都被曹賢熙用監(jiān)控屏幕看到了，杜正宇也發(fā)現(xiàn)了正在工作的電腦攝像頭。兩個人通過鏡頭面對面，杜正宇關(guān)閉電腦。而這時那個吳正煥的一號打手出現(xiàn)，他剛在外面處理孩子的尸體，也是第一次知道這里是秘密研究所，但不知道研究所已轉(zhuǎn)移去哪里。他帶杜正宇看了孩子的尸體。

這時候杰米要尹碩弼幫忙搞到便利店附近的監(jiān)控視頻，搞到之后，發(fā)現(xiàn)文在雄進入了張龍植的網(wǎng)站大樓，決定去那里看看。

夜晚，孫旻虎來到網(wǎng)站大樓，女部長帶警力監(jiān)視著。

孔慧媛和杰米他們也來到大樓下面的停車場，在那里相遇。

九點快到了，房間里喝過酒的張龍植突然出現(xiàn)中毒反應(yīng)，原來文在雄已經(jīng)給他下毒，看著他毒發(fā)身亡。然后文在雄走出房間，卻在外面被姜潤城他們用麻醉飛鏢射中倒地，將他帶走。

女部長發(fā)現(xiàn)有車輛急速離開大樓，發(fā)現(xiàn)不對勁，急忙一邊命人追車，一邊自己進入大樓。

而這時孔慧媛、杰米他們找到了孫旻虎，卻發(fā)現(xiàn)他安然無恙。接著女部長他們也來了。這時杰米從房間里的一張合影照片想起，張龍植就是幫助自己、杜正宇和文在雄逃走的大人。當(dāng)年的張龍植不是實驗對象，只是白夜村里面干雜活的。

警方繼續(xù)搜查，發(fā)現(xiàn)張龍植已死。

這時文在雄也醒了，發(fā)現(xiàn)自己被鐵鏈拴在墻上，吳正煥出現(xiàn)，張龍植生前也把文在雄的秘密都告訴了他，并且建議他搶先攻擊文在雄。

姜潤城給文在雄注射了藥劑，待他暈過去后，從他的身上提取了血樣，準(zhǔn)備制作血清。但這時吳正煥他們頭頂?shù)臒艄馔蝗幌缌耍闹茼懫鹆硕耪畹穆曇簦灰惶柎蚴謳Я诉^來，將其他打手大都放倒。就在這時，曹賢熙出現(xiàn)，對杜正宇說，許久不見了，我的兒子。杜正宇一愣神的工夫，一號打手向他射出麻醉飛鏢。原來這一切都是吳正煥他們策劃好的。