2145年的波士頓，無神論戰士卡萊布和瑪麗從墜毀的直升機中救出一個醫療機器人。從機器人存儲的資料來看，此前曾為一家密特拉教派的軍官和家人做過醫療檢查，那是被選中登上方舟的人必須經歷的步驟。目前地球被死靈機器人占據，實施無差別攻擊。卡萊布和瑪麗便利用醫療機器人的整容功能，讓自己頂替了原先的隊長馬庫斯和他的妻子蘇。

尋找通行證秘鑰時，二人才知道馬庫斯和蘇還有個兒子保羅。因奉行教義，保羅自幼被送進神學院由牧師照顧。父母與兒子之間從無交流，連一句話都沒說過。在方舟前往開普勒-22b的十余年里，身體處于休眠狀態，意識卻保持清醒。每個人，甚至是寵物都能通過模擬系統，在虛擬世界中交流。保羅漸漸接受了這對似乎有了很大改變的父母，卡萊布和瑪麗也融入到密特拉教派中，隨口就能說幾句信仰之辭，從此成為馬庫斯和蘇。只是沒想到，時隔十二年，又會遇上死靈機器人。

有了新增的五個孩子，建立無神國度的事業也就有了希望。母親把“死靈”雙目藏在居住艙下，配戴上戰斗機械人的雙眼，這樣才能保證不會在無意中傷害孩子。戰斗機器人體內的處理器被接到父親體內，她需要父親的協助。在她看來，父親違背了任務目標才需要被關閉。如今形勢不同，父親會成為完成任務的重要支柱。

父親出于純理性分析認可了母親的觀點，坎皮恩見到父親歸來更是欣喜不已，但內心對母親的畏懼正轉化為憤怒，要暗中想辦法解除母親的武裝。來自方舟的五個孩子薇塔、霍莉、坦佩斯特、保羅、亨特，面對和藹可親的母親同樣是小心謹慎，表面恭順，背后不滿，尤其是母親還收走了他們的太陽神墜飾。

亨特是年紀最大的孩子，父親又是密特拉教派的高級神官，對其他孩子有著無形的控制權。他強行命令保羅把心愛的寵物小白鼠送給坎皮恩，有意拉攏。毫無心機的坎皮恩無法了解人類之間的復雜關系，亨特利用這種單純的好感影響著坎皮恩，讓坎皮恩相信是母親的死靈本性殺死了他的兄弟姐妹。

母親不喜歡坎皮恩的做法，小白鼠還是還給了保羅。在之后的生活中，亨特處處顯得高人一等，不事勞作。而沒有了密特拉教派的特權，眾人開始對亨特的指手畫腳產生反感。不再視其為理所當然的領導人，反而更傾向于天真無邪的坎皮恩。

母親看出坦佩斯特懷有身孕，特地將她安排在居住艙單獨居住，也不用農田勞作，只需要打掃房間即可。但坦佩斯特并不喜歡被母親視為禮物的腹中胎兒，那是在休眠艙中，被某個神職人員玷污的結果。母親的大肆殺戮，無意中幫坦佩斯特雪恥。所以從某個方面來說，坦佩斯特很感激母親，對母親的抵觸也是最少的。她聽取了母親的建議，不再去傷害腹內無辜的孩子。

就在方舟墜毀后沒幾天，原本寧靜的夜晚突然多出幾聲嘶吼。形似食尸鬼的生物襲擊營地，母親想取出“死靈”雙眼，卻發現被人取走。父親一愣，立刻知道是坎皮恩所為。他一反平時溫和的態度，怒目圓睜，抓著坎皮恩的雙臂喝問雙目下落。“死靈”雙目從坎皮恩口袋中掉了出來，父親抓在手里丟給母親。母親變換成“死靈”飛上半空，一只只食尸鬼在她的吼聲中化為肉漿。營地暫時安全了，可母親和父親都想不明白，這些兇殘的生物為何會在十二年后出現。