另一方面，正當守城官兵屈于邊關兵馬的威勢而不得不開城門之時，瑪爾賽突然倒戈背叛了鰲拜，將邊關將領刺死，同時索額圖帶兵攻入紫禁城，與納爾杜等人展開激戰。此舉令鰲拜也是大感意外，但事已至此無法回頭的鰲拜不得不背水一戰，意欲擒下玄燁，由此與玄燁曹寅及眾布庫展開了殊死一戰。危急時刻，一旁的遏必隆使出致命一擊，毫無防備的鰲拜頓時敗于下風，不得不束手就擒。玄燁終于完全制服了鰲拜，至此，才開始了真正親政的日子，手中牢牢掌握住了大權。總攬大權后的玄燁勵精圖志，制定了不少政策措施，同時還為明史案，天算案，圈地案及蘇克薩哈平反。在乾清宮中，玄燁更是將河務、漕運、三藩視為三件頭等重要的大事，寫于柱子之上。聚忠作為玄燁的軍師兼好友也是盡心盡力輔佐玄燁。此時，三藩之一的平南王尚可喜上奏請求撤藩，引起聚忠的忌慮，玄燁對此避而不談。事實上，玄燁一直與安親王秘密商議撤藩之事。玄燁在第二日早朝之時宣布答應尚可喜的撤藩請求，令朝中大臣們議論紛紛。此時得知消息的吳三桂和耿精忠也上奏請求撤藩。擒鰲拜事之后的遏必隆被貶官，落魄之時受到玄燁的格外關切，還與皇帝賭了起來，但卻意外地于當夜猝死。