在被折原殺害的敷村教授的電腦里，里有提示抗病毒劑所在的線索。藤丸與加納、南海一起，循著線索的提示好不容易來到了深山中的某個小屋。那個小屋是藤丸從前經常與家人一起拜訪、充滿了回憶的地方，最近被敷村教授當作了研究所……但是不知為何，藤丸一行人進入小屋的事被恐怖分子們得知了，藤丸等人又一次陷入了危機中。

另一方面，在THIRD-i本部，由于叛徒與病毒感染著的出現而被問責的霧島交出了指揮權，信任指揮軍鐮田（齋藤步）的強硬作風讓THIRD-i的成員們感到為難……

然后，在死囚房里做出詭異行為的謎樣男子神島紫門與恐怖集團令人意外的關系終于明朗了。