歷經(jīng)八年浴血奮戰(zhàn)，中華民族終于取得抗戰(zhàn)勝利。1945年九月九日，中國政府在南京正式接受日本投降。此時的南京吸引了全世界的目光。為了確保受降儀式萬無一失，警察署長霍然親自視察安?，F(xiàn)場，他發(fā)現(xiàn)警察廳長莫采石竟然沒到現(xiàn)場，很是生氣。

日軍為了保住最后的尊嚴(yán)，準(zhǔn)備在我舉國慶祝勝利的時候，把他們進行細(xì)菌實驗的五九檔案秘密運出南京。得知消息的蔣介石為了增加與美國政府談判的籌碼，換取更多的武器，竟然不準(zhǔn)備把五九檔案這一罪證交到國際法庭，而是密令嫡系心腹——警察廳廳長莫采石不惜一切代價奪回五九檔案，暫時封存于中央博物院。士為知己者死，誓死效忠總統(tǒng)的莫采石安排手下在火車站附近設(shè)伏，他自己也不顧受降式上的安保任務(wù)匆匆趕往下關(guān)車站。

這時，剛從國外游學(xué)回來的刑偵專家程慈航站在街頭，聽到報童不停高喊日本投降的消息，心潮起伏，感慨萬千。他想到被日本人殘忍殺害的小玉，想到小玉犧牲前交給自己的的資料——日軍511生化武器研究資料，想到小玉臨終讓自己把這些資料公之于眾。程慈航眼中充滿仇恨，他要找到殺害小玉的中田報仇，他敏銳地發(fā)現(xiàn)街頭有很多形跡可疑的人。程慈航準(zhǔn)備坐黃包車離開，意外發(fā)現(xiàn)日本人小野拎著一個大箱子，和一干手下行色匆匆趕往火車站。與此同時，女警員歐陽倩也發(fā)現(xiàn)了小野。歐陽倩一個手勢，四周化裝成各色人等的警員立即包抄上來。小野發(fā)現(xiàn)計劃敗露，急忙逃離現(xiàn)場，歐陽倩持槍追趕。狡猾的小野逃到一處廢舊的倉庫，先他一步來到的程慈航詢問中田的下落，小野以為程慈航也為箱子而來，命令手下群起而攻之。幾個回合下來，程慈航就把他們打得落花流水。小野見勢不妙，沖程慈航連開數(shù)槍，均被程慈航躲過，小野扔下箱子落荒而逃。追蹤至此的歐陽倩看到程慈航，誤以為他是日本特務(wù)，讓他到警局說明情況。不料，程慈航空手把槍奪下，二人展開激烈的搏斗。歐陽倩畢竟力量單薄，最終被程慈航攥住雙手?jǐn)堅趹阎?。這時，歐陽倩的同事關(guān)天平尾隨而至，他用槍逼住程慈航，和歐陽倩合力把程慈航抓住。程慈航被抓之后盯著歐陽倩套起近乎，他說和歐陽倩似曾相識，還說自己是莫采石廳長的親戚。

程慈航和小野一干人等混戰(zhàn)時，警察劉阿長趁機把箱子里的東西取出交給了莫采石。莫采石急忙把這份資料送往中央博物院，臨行前，他讓侍從室人員把俘獲的敵特全部殺之滅口。歐陽倩以程慈航是唯一和傷者接觸的人為由，要求留下程慈航，接受密令的劉阿長堅決拒絕。為找到程慈航，以便繼續(xù)追查箱子的下落，歐陽倩和關(guān)天平驅(qū)車到山上搜索。踏破鐵鞋無覓處，得來全不費工夫，歐陽倩竟然在半路抓到剛剛逃出來的程慈航，隨即，程慈航被關(guān)到監(jiān)獄。獄霸三爺?shù)氖窒聦Τ檀群讲粩嗵翎叄檀群礁静恍家活?，幾個囚犯認(rèn)為程慈航好欺侮，伸手就打。他們哪是程慈航的對手，幾個回合下來就嚇得不敢動彈。其中一個謊稱自己幾天沒吃飯，否則不會讓程慈航沾便宜，程慈航根據(jù)他的特征推斷出他剛剛喝了羊雜湯，還說此人欠錢被別人追趕。這個犯人連說自己是被別人冤枉，替代車夫成了殺人犯。程慈航認(rèn)為此案大有疑點，車夫也不會為一塊懷表殺人。程慈航接受歐陽倩審訊時，以受到冤枉車夫為例，質(zhì)疑警察偵破案件不注意推理和證據(jù)之間的關(guān)系。

受降儀式現(xiàn)場，戰(zhàn)犯岡村寧次代表日本政府在投降書上簽字?；羧唤K于松了口氣，這時，他得知火車站發(fā)生激烈槍戰(zhàn)，就怒氣沖沖地到警察廳找莫采石興師問罪。匆匆趕回來的莫采石看來者不善，故意把總統(tǒng)賜的中正劍擺在桌子上。霍然不顧莫采石天子門生、黃埔嫡系的身份，對他厲聲斥責(zé)。莫采石只好把自己接受的密令和盤托出，看到莫采石如此得到總統(tǒng)信任，霍然的口氣緩和了許多。

任務(wù)沒有完成，五九檔案不見蹤影，中田不惜重金找到此份檔案。不料，有人捷足先登，花費重金讓隱姓埋名的江洋大盜許老二到中央博物院盜取這份絕密資料。五九檔案被盜，高層震驚。刑偵處長嚴(yán)達(dá)慶命令所有警員全部到崗，現(xiàn)場勘查，關(guān)天平和歐陽倩認(rèn)為是飛賊作案，嚴(yán)達(dá)慶認(rèn)為是內(nèi)鬼作案。面對如此重大的案情，霍然為了保護自己的得意弟子嚴(yán)達(dá)慶，讓莫采石請程慈航回南京幫忙破案。