在京都的廢屋里與一個奇怪的女性交談后，加持良治依舊執行他對NERV的偵探工作。第二日，真嗣與源堂一起來到唯的墓前，明日香則去應付約會。晚上，美里、律子與加持一同參加了友人的結婚宴會，在回來的途中，美里向加持吐露了自己的心聲。翌日，在進行間諜工作的加持被美里發覺，于是，加持將她帶到了被 NERV隱藏的莉莉斯面前。