EVA四號機的S2機關搭載實驗在美國進行。結果美國的NERV第二支部與其半徑89公里以內的設施從此消失。為此，剩下的三號機的啟動實驗，轉至日本的松代進行，而且駕駛員將由新挑選的第四適格者來擔任。只是那個青年的名字，令美里擔心。后日上課時，鈴原東治被傳喚至校長室，回來之后，他似乎變成了另一個人。