張漢超和董琦又在隧道里里外外查找了一遍，沒發現有炸藥的蹤影。而此時的秀愛玲已經啟動了保密局新的特務人員系統，躲在了附近。專案組的其它人趕來隧道，將季愛玲是049的消息告知了張漢超。楊誠分析如果有第二套遙控引爆裝置的話，一定是在一公里范圍內，派出所長想起了附近的護林小屋，專案組等人來到小屋外，季愛玲開了冷槍，將所長打傷。

雙方展開了激烈的槍戰，特務加上季愛玲只有三人，但是擁有機槍等重武器。專案組前后包夾，將守在外面的特務打死，同時沖進屋內把季愛玲打成重傷。看到桌上的起爆裝置，楊誠立刻緊急排險，在張漢超兩人的配合下，終于解除了危險，但季愛玲乘此機會向二人開槍，董琦舍身救下他們，自己卻和季愛玲一同中彈，眼見不行了。

董琦犧牲了，專案組的每個人想到與董琦的交集，想到董琦年邁的父母，想到董琦為了破獲這起案件不被他人所理解和受到的誤會，心中萬分悲痛。隧道保住了，專列順利通過，專案組的任務完成，但大家都高興不起來。專案組和哈爾濱當地公安一起去了董琦家中，但董琦的父親還是不能理解他，直到看了董琦留給他們的信，而這封信的內容讓所有在場的人竦然動容。

當董琦的父親得知兒子保護了專列時，泣不成聲，他向公安局長表示兒子的死是光榮的，看著兩位老人，專案組和公安局的人都被感動得落淚。專案組趕回北京，但更重要的任務還在等待他們。

1949年建國以后，特務活動猖獗，他們把目標瞄準了為新中國做出巨大貢獻的學者和知識分子。古建筑學家半夜里被人殺害，兇手手段殘忍，而且偽造了現場。一大早上張漢超路過宿舍院，看到發生人命案，進去簡單地查勘了現場，因為案件歸屬于市公安局管轄，他特意叮囑警察，這不是一起普通的謀殺案。

公安部內，周副局長召集專案組眾人開會，要求做好國慶的保衛工作，張漢超因為查案遲到，被周副局長批評了幾句。會后，專案組又聚到一起，為這次特殊任務開始工作，張漢超回想起早上那樁命案，認為很有可能是特務搞破壞，他和王黎生專程再去了現場仔細勘查。